การจัดเก็บเอกสารเป็น การนำระบบจำแนกเอกสาร  ระบบใดระบบหนึ่งมาใช้  เพื่อให้เอกสารที่จะดำเนินการจัดเก็บมีความเป็นระบบระเบียบ  ซึ่งจากการปฏิบัติที่ผ่านมา สำนักงานศาลยุติธรรมมีการแนวทางในการจัดเก็บเอกสารใน ลักษณะจำแนกตามหัวเรื่อง โดยจำแนกเอกสารออกเป็น หัวข้อใหญ่ตามหน้าที่ความรับผิดชอบของหน่วยงานนั้น หรือจำแนกตามบริการที่ให้แก่ผู้อื่น จัดเก็บใน ระบบจัดการเอกสาร (E-Document Management System)  โดยทั่วไปจะกำหนดเป็นหัวข้อ  11  หมวด  ดังนี้

• หมวดที่  1  การเงิน งบประมาณ
• หมวดที่  2  คำสั่ง ระเบียบ คู่มือ มติ ครม.
• หมวดที่  3  โต้ตอบ
• หมวดที่  4  บริหารทั่วไป
• หมวดที่  5  บริหารบุคคล
• หมวดที่  6  เบ็ดเตล็ด
• หมวดที่  7  ประชุม
• หมวดที่  8  ฝึกอบรม  บรรยาย  ทุนและดูงาน
• หมวดที่  9  วัสดุ  ครุภัณฑ์  ที่ดินและสิ่งก่อสร้าง
• หมวดที่  10  สถิติและรายงาน
• หมวดที่  11  โครงการ แผนงาน การวิจัย

หมวดที่  1  การเงิน  งบประมาณ
เอกสารที่จัดเก็บในหมวดนี้เป็นเอกสารที่เกี่ยวกับการเงินและงบประมาณทั้ง หมด  เช่น  เงินเดือน  ค่าจ้าง  เงินค่าใช้สอย  เงินบำเหน็จบำนาญ  เงินอุดหนุน เป็นต้น

หมวดที่  2  คำสั่ง  ระเบียบ  คู่มือ  มติ  ครม.
ในหมวดนี้เอกสารที่จัดเก็บได้แก่  เอกสารที่เกี่ยวกับคำสั่งของแต่ละหน่วยงาน  เช่น  คำสั่งกอง  คำสั่งสำนักงาน  คำสั่งทั่วไป  เป็นต้น  ระเบียบ  ประกาศต่าง ๆ  กฎหมาย  กฎกระทรวง  พระราชบัญญัติ  คู่มือ  และมติต่าง ๆ

หมวดที่  3  โต้ตอบ
เป็นหมวดที่จัดเก็บเอกสารที่ มีการโต้ตอบในเรื่องทั่ว ๆ  ไปที่ไม่ได้จัดอยู่ในหมวดหมู่ใดโดยเฉพาะ  เช่น  การขอบริจาคสิ่งของ  หนังสือขอบคุณ  เป็นต้น ส่วนหนังสือโต้ตอบเฉพาะเรื่อง เช่น โต้ตอบเรื่องการเงินให้เก็บเรื่องดังกล่าวไว้ในหมวดการเงิน  งบประมาณ

หมวดที่  4  บริหารทั่วไป
หมวดดังกล่าว  เป็นหมวดที่จัดเก็บเอกสารเกี่ยว กับการแบ่งส่วนราชการ  การแบ่งหน้าที่ความรับผิดชอบ  คำสั่งที่มีลักษณะเป็นการบริหารงาน  การมอบอำนาจให้ทำหน้าที่แทนหรือการรักษาการแทนในตำแหน่งใดตำแหน่งหนึ่ง

หมวดที่  5  บริหารบุคคล
ในหมวดนี้จัดเก็บเอกสารที่ เกี่ยวกับการบริหารงานบุคคลทั้งกระบวนการตั้งแต่การสรรหา  บรรจุแต่งตั้ง  การโอน  การย้าย  การเลื่อนระดับ  การกำหนดตำแหน่งใหม่  การลาออก  ฯลฯ  เป็นต้น

หมวดที่  6  เบ็ดเตล็ด
เป็นหมวดที่เก็บเอกสารซึ่งไม่สามารถจัดเข้าหมวดหมู่ใดหมวดหมู่หนึ่งที่ตั้ง ไว้  อีกทั้งมีปริมาณเอกสารที่ไม่มากพอที่จะตั้งขึ้นเป็นหมวดเอกสารใหม่ได้ก็ให้ เก็บไว้ในหมวดนี้

หมวดที่  7  ประชุม
หมวดนี้จัดเก็บเอกสารที่ เกี่ยวกับการประชุมทั่ว ๆ  ไป  โดยเก็บเอกสารทั้งกระบวนการในการประชุม  เช่น  ระเบียบวาระการประชุม  หนังสือเชิญประชุม  เอกสารประกอบการประชุม  และรายงานผลการประชุม  เป็นต้น  แต่หากการประชุมที่เกี่ยวเนื่องกับเรื่องเฉพาะ  เช่น  การประชุมพิจารณาความดีความชอบ ก็ให้เก็บเอกสารไว้ในหมวดบริหารบุคคล  เป็นต้น

หมวดที่  8  ฝึกอบรม  บรรยาย  ทุนและดูงาน
ในหมวดนี้จัดเก็บเอกสารที่เกี่ยวข้องกับการฝึกอบรม  สัมมนาหรือบรรยายเรื่องใดเรื่องหนึ่ง  ข้าราชการได้รับทุนการศึกษาต่อ  ทุนดูงาน  เป็นต้น

หมวดที่  9  วัสดุ  ครุภัณฑ์  ที่ดินและสิ่งก่อสร้าง
ในหมวดดังกล่าวจัดเก็บเอกสารประเภทการจัดซื้อจัดหาพัสดุและครุภัณฑ์ต่าง ๆ  แบบแปลนสิ่งก่อสร้าง  ประกวดราคา  จ้างเหมา  เป็นต้น

หมวดที่  10  สถิติและรายงาน
หมวดนี้  เอกสารที่จัดเก็บ ได้แก่  เอกสารประเภทรายงานและสถิติต่าง ๆ  เช่น  รายงานการตรวจอาคาร  รายงานปริมาณและสถิติคดีของศาล  เป็นต้น

หมวดที่  11  โครงการ  แผนงาน  การวิจัย
ในหมวดนี้จัดเก็บเอกสารที่เกี่ยวข้องกับ  โครงการ  แผนงาน  การวิจัย  เป็นต้น